政府が12月24日に決定した2016年度予算案で、観光庁予算は200億1500万円となり、15年度当初予算に比べて約2倍に増加した。震災復興で復興庁に計上された観光予算（復興枠）を含めると、約2.4倍の245億4500万円。急増するインバウンドへの対応を重視し、概算要求額を上回る予算を付ける異例の措置。宿泊施設への補助金を含む外国人旅行者の受け入れ環境整備に80億円を計上するなど、訪日プロモーション以外の予算も拡充された。
観光庁が8月に要求した予算額は142億600万円で、復興枠を含めて145億8千万円だった。例年は財務当局の査定など予算案の編成過程で絞り込まれて減額されるが、16年度予算案ではこの過程で増額となった。
当初予算は、民主党政権時の127億円（2010年度）を別にすると、近年は100億円程度だった。復興枠、補正予算を含めた年間予算は百数十億円程度だが、15年度補正予算（56億円）と16年度当初予算を合わせると、観光庁の年間予算は約300億円と大幅に増える。
予算の増加について観光庁総務課の森哲也企画官は、訪日外国人旅行者数が年間1900万人台の後半に届くという中で「一定額を割く必要があるという政府の認識の表れ」と指摘。その上で「急増する外国人旅行者に責任ある対応が必要であり、受け入れ環境の整備を進める。また、輸出産業として一定の地位を占めるようになった観光産業もさらに伸ばす」と説明した。
予算額が増えただけでなく、事業分野別の構成比も変わった。訪日プロモーションを中心とするビジット・ジャパン（VJ）事業関連は、これまで予算全体の約8割を占めていたが、16年度当初予算案では金額は前年度比約2割増を確保しながらも構成比は約4割。一方で大幅な増額となり、構成比が拡大した事業分野は、外国人旅行者の受け入れ環境整備、観光地域づくりなどだ。
事業の主な内容としては、「インバウンド受け入れ環境整備・観光産業活性化」に83億7400万円を計上。旅館や2次交通などのインバウンド対応を支援するほか、旅館・ホテルの人材育成事業を実施する。「地方創生のための観光地域づくり」には63億6700万円。広域観光周遊ルートの整備や東北地方のインバウンド推進に補助金を交付する。「戦略的訪日プロモーション・MICEの誘致の促進」は94億8200万円で、VJ事業の強化のほか、日本政府観光局（JNTO）の海外事務所を14カ所から21カ所に増やす。
